Wahana Visi Indonesia hadir sebagai mitra terpercaya pemerintah dalam mengelola program-program Swakelola Tipe III dan memberi dampak bagi pembangunan Indonesia. Program Swakelola Tipe III yang sudah dikelola oleh Wahana Visi Indonesia antara lain Program Organisasi Penggerak bersama Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi; Pendidikan Gizi bersama Kementerian Kesehatan; Pencegahan Stunting dan Pemberdayaan Badan Usaha Milik Desa bersama Pemerintah Kabupaten Alor.